Geologische und klimatische Bedingungen beeinflussen die Gestalt und die chemischen und physikalischen Eigenschaften der Fließgewässer. Bereits ohne den menschlichen Einfluss ergibt sich daraus eine Vielfalt unterschiedlicher Lebensraumbedingungen für Tiere und Pflanzen. Entsprechend groß ist die Vielfalt ihrer Besiedlung. So findet man z. B. in Bächen des Tieflands ganz andere Arten als im Mittelgebirge.

Für die ökologische Bewertung gemäß EG-WRRL folgt daraus, dass der sehr gute ökologische Zustand – also das Bewertungsoptimum – aufgrund unterschiedlicher natürlicher Randbedingungen nicht für alle Fließgewässer gleich sein kann.

Zur Lösung dieses Problems wurden die Fließgewässer systematisch nach gemeinsamen Merkmalen sortiert und sogenannten "Fließgewässertypen" zugeordnet. Nur so ist sichergestellt, dass sich die ökologische Bewertung auf die richtige Referenz bezieht – der sehr gute ökologische Zustand des Niederrheins unterscheidet sich nun einmal drastisch vom sehr guten ökologischen Zustand eines kleinen Gebirgsbaches.

Die Beschreibungen der Fließgewässertypen geben außerdem eine wichtige Orientierung für ökologische Verbesserungen im Rahmen von Renaturierungs- oder Unterhaltungsmaßnahmen.