Bundesweit wurden bisher 25 Fließgewässertypen für Deutschland festgelegt: 4 für die Ökoregion der Alpen und des Alpenvorlandes, 8 für das Mittelgebirge, 9 für das Norddeutsche Tiefland sowie 4 Fließgewässertypen, die als „Ökoregion unabhängige“ Typen in verschiedenen Ökoregionen verbreitet sind.