Zum „guten Zustand“ entsprechend der WRRL gehören möglichst lange, zusammenhängende und barrierefreie Fließgewässerstrecken, die für alle Organismen und Geschiebe durchgängig sind. Mit dem Projekt "Lebensraumgewinn" wird eine Priorisierung der Durchgängigkeitshindernisse für die Maßnahmenplanung ermöglicht.

Eutrophierungsbedingte Defizite sind eine wichtige Ursache für die Verfehlung der Bewirtschaftungsziele in nordrhein-westfälischen Tieflandgewässern. Hierzu bestanden noch „Wissenslücken“ in Bezug auf Ursachen und Wirkungszusammenhänge.

Bei der Bilanzierung der Kupfer- und Zinkfrachten der Oberflächengewässer ergab sich im Münsterland eine erhebliche Differenz zwischen den Frachten, die bekanntermaßen aus dem Herkunftsbereich der Siedlungswasserwirtschaft stammen und dem, was Immissionsmessungen im Gewässer ergaben.

Überschreitungen von Umweltqualitätsnormen für Schwermetalle in Oberflächengewässern können auch natürliche Ursachen haben. Als Grundlage für die Entscheidung, ob Minderungsmaßnahmen vorzusehen sind, ist es erforderlich, die Hintergrundkonzentrationen für diese Metalle zu bestimmen. 

Der Eintrag von Stickstoff und Phosphor stellt auch in NRW ein wesentliches Problem für den Gewässerschutz dar. Zur Beseitigung dieser Defizite sind wirksame, kosteneffiziente Maßnahmen zu identifizieren und umzusetzen, um bis spätestens 2027 einen „guten Zustand“ in den Wasserkörpern in NRW zu erreichen.

In der Lenne wurde eine zunehmende Eutrophierung, sichtbar durch Massenaufkommen von Kieselalgen, beobachtet. Ein weiteres Problem ist der starke Rückgang der Äsche nicht nur in der Lenne, sondern auch in anderen Einzugsgebieten. Es wurde untersucht, ob zwischen beiden Phänomenen ein Zusammenhang besteht.